אינדיקציות אנדוסקופיות של האף עשויות לכלול:
1. זיהוי מחלה בחולים הסובלים מתסמינים סינונאליים, כמו לחץ או כאב בפנים, ניקוז רירי, ירידה בחוש הריח או גודש או חסימה באף.
2. הערכת מחלה חד צדדית.
3. הערכת תגובת הטיפול הרפואי בחולים כגון הפרשות מוגלתיות, דלקת ובצקת רירית או רזולוציה של פוליפים לאחר טיפול באנטיביוטיקה, אנטיהיסטמינים, סטרואידים דרך הפה או סטרואידים לאף מקומיים.
4. הערכת חולים עם סיבוכים צפויים או סיבוכים של סינוסיטיס.
5. פירוק והסרה של ריר, קרום ופיברין מסינוסים וחללים חסומים באף בעקבות ניתוח סינוס אנדוסקופי פונקציונלי.
6. השגת תרבית הפרשה מוגלתית.
7. הערכת הישנות פתולוגית אפשרית לאחר ניתוח סינוס אנדוסקופי פונקציונלי (FESS).
8. הערכת האף-לוע לבעיות בצינור האוסטכיאן, היפרפלזיה לימפואידית וחסימה באף.
9. הערכה ונטילת ביופסיה של נגעים או מסות באף.
10. הערכת אנוסמיה או היפוסמיה.
11. הערכת דליפת נוזל מוחי (CSF).
12. הערכה וטיפול בגופים זרים באף.
13. הערכה וטיפול באפיסטקסיס.
ממצאי מחקר מראים כי ביופסיה במשרד ואנדוסקופיה של האף הם כלי אבחוני חשוב ובטוח להערכת ניאופלסמות סינונאליות. הליך זה הוא בדרך כלל בטוח ונותן לרופאים את המידע האבחוני שהם דורשים כדי לבצע שינויים בהחלטות הטיפול, במידת הצורך. אכן קיימות מגבלות הנוהל, בדרך כלל קשורות לדיוק.